Capitale delle Egadi, Favignana è l'isola più grande (19 km2), la meno selvaggia, la più popolata e la più vicina, difatti è separata dalla costa da un braccio di mare di quasi sei chilometri, con profondità medie di circa dieci metri. Favignana sembra essere, a prima vista, arida e secca ma in realtà offre una grande varietà di specie vegetali. Le pareti del Monte Santa Caterina sono ricoperte dalla vegetazione mediterranea, come piante di capperi, di timo e alberi di rue, così come la varietà di fiori, in particolare le numerose specie di orchidee. La fauna dell'isola è composta da una grande varietà di pesci e di gabbiani reali che nidificano sulla costa.

Nell'antichità, Favignana rimase estranea alla colonizzazione Greca, fu tra i capisaldi della sfera d'influenza cartaginese, per passare a Roma nel terzo secolo. E fu tra Favignana e le altre Egadi che nel 241 a. C. venne giocata d'astuzia, la battaglia navale nella quale vennero affondati 50 navi cartaginesi dette “legni”. Quegli stessi legni di cui i subacquei più fortunati portano, di tanto in tanto, alla superficie, un frammento bronzeo o un ceppo d'ancora. L'isola fu dimora dei pirati tunisini, che sino al secolo diciottesimo saccheggiarono le vicine coste siciliane.

L'isola ha molti edifici di grande importanza storica e architettonica, tra cui il "Cottage Florio", costruito nel 1876 in stile liberty da Giuseppe Damiani Almeyda, e la Tonnara, comunemente chiamata la “trappola”, fatta di reti che occupano un'area di 350.000 mq, poste a circa 30-40 metri sotto il livello del mare, per l'intercettazione e la cattura dei tonni. Esso, commissionato da Ignazio Florio, proprietario della Tonnara, fu il più grande complesso industriale mai realizzato alla fine dell'800 in Europa ed oggi rappresenta un ottimo esempio di archeologia industriale. Il Cottage Florio è oggi la sede del Municipio ed di un piccolo "Antiquarium" con interessanti reperti ritrovati nei fondali marini dell'isola. In uno degli angoli di piazza Matrice vi è la Chiesa Madre, dedicata all'Immacolata Concezione e completata nel 1764; la chiesa fu costruita in un angolo piuttosto che nel centro della piazza, a causa di una restrizione imposta dal re Filippo III ai Pallavicino (in quegli anni, proprietari dell'isola). Re Filippo, vietò di far costruire ovunque si volesse per impedire la chiusura della visuale sul mare. Favignana si distingue anche per le sue numerose cave di tufo, i cosiddetti 'quaternari', l'emblema dell'isola e una fondamentale risorsa economica. La montagna di S. Caterina, che domina l’isola, è ricca di grotte molto interessanti, alcune da un punto di vista geologico, altre da un punto di vista archeologico, come la Grotta delle Navi, la Grotta della Stele, la Grotta della Ficara, Grotta dell'Ucciria. Nella baia di Punta Ferro detta Calazza, sono affiorate dagli scavi due tombe del periodo ellenico, inoltre tra i reperti furono recuperati delle monete puniche, del vetro policromo del periodo bizantino e un lanterna in argilla. Ma la risorsa principale dell'isola è sempre stata il mare: esposta al vento e alla salsedine, Favignana è una destinazione popolare tra i turisti per le sue belle spiagge e per le affascinanti calette e rocce; tra le sue baie, Cala Grande a tramontana, fornisce buon riparo alle navi contro i venti di ponente.

Ai piedi della montagna di Santa Caterina si erge lo stabilimento Florio, sede storica della lavorazione del tonno dopo la tradizionale mattanza di fine primavera. Il complesso di reti, le cosiddette 'trappole', sono tenute ferme sul fondo marino da ancore gigantesche che ne impediscono il movimento al variare delle maree; la parte superiore di queste reti, è tenuta a galla da boe che tengono dritte le pareti della tonnara. Queste reti sono posizionate ad arte tanto da formare delle vere e proprie gabbie dove i tonni vi finiscono dentro imprigionati; inizialmente non si accorgono di essere rimasti imprigionati, tanto che depongono le loro uova. Il tonno trova però degli ostacoli e inizia a nuotare in senso orario, spostandosi man mano verso la fine del corridoio di reti. L’ultima gabbia è quella del “non ritorno” per i tonni, la cosiddetta “camera della morte”, una volta qui verranno sollevati e portati quasi in superficie dai pescatori o tonnaroti. Da questo momento inizia la Mattanza, al comando del 'rais', il capo dell'equipaggio, i pescatori arpionano i tonni e poi li trasportano all'interno dello stabilimento. Delle 50 tonnare che una volta esistevano in Sicilia, solo quella di Favignana è tutt'oggi in attività.